はじめに 前回の記事では、傾向スコア(Propensity score)による逆確率重み付け法(Inverse probability of treatment weighting; IPTW)をRで行うためにIPWパッケージを用いました。実は、傾向スコア法による解析を行うためのRのパッケージはたくさんあり、僕…

【最終更新 2022/5/13】 シミュレーションでのバイアス評価で、推定したい真値を周辺オッズ比とし、モンテカルロ法で算出するようにしました。 条件を変えたシミュレーションをfurrrパッケージで行うようにコード例を修正しました。 その他、細かな表現を改…

はじめに これまで2回にわたってランダム効果モデルのギブス・サンプリングを説明してきました。またランダム効果の分散について、事前分布として逆ガンマ分布や一様分布を設定した場合のベイズ推定結果をシミュレーションにより確認しました。ところが、分…

はじめに 今回は、以前の記事「ギブス・サンプリングの実装練習：(1)ランダム効果モデル」の続編です。 mstour.hatenablog.comこの記事で紹介したギブス・サンプリングでは、ランダム効果の分散の事後分布の推定がどうもうまくいっていないようでした。 理由…

2021/11/14 赤字部分を追記 はじめに このブログではあまりベイズ統計の話題は書いてこなかったのですが、やはりこれからの時代それではいかんということで、こんなことをやってみることにします。ベイズモデルにおいてパラメータの事後分布を推定する際には…

はじめに 今回は、以前の記事でご紹介したシミュレーションプログラム作成練習の続きをやっていきたいと思います。 mstour.hatenablog.com題材は、第1回と同様こちらの論文で実施されたシミュレーション研究です。 www.ncbi.nlm.nih.gov前回は1つのアウトカ…

はじめに 過去2回、Rのmiceパッケージを用いた欠測データの作成方法を紹介してきました。 （過去の記事は以下です。） mstour.hatenablog.com mstour.hatenablog.com今回はもう少し踏み込んで、欠測データ分析に関する実際のシミュレーション研究の再現をし…

はじめに 今回は、以前の記事で概要を紹介したampute関数を用いて実際に欠測データを作成してみたいと思います。 amputeの概要については、よろしければ以前の記事もご覧ください。 mstour.hatenablog.com 使用するデータセット まずは今回使用するパッケー…

はじめに 前回、混合モデルの説明に使用した欠測データの作成のため、Rのパッケージの一つ、miceパッケージ（参考資料1）に実装されている関数の「ampute」（参考資料2）を使用しました。今回は、ampute関数の原理と使い方をもう少し詳しく見ていきたいと思…

最終更新：2023/9/10 「実施」セクションの「N=40の欠測なしデータの推定結果」とあるのは「欠測ありデータの推定結果」の間違いでした。修正しました。 はじめに 前回の記事では、線形混合モデルの固定効果に関する推論で使用されるKenward-Roger法の概要を…

はじめに 前回の記事では、ランダム化比較試験について架空の事例をもとに考えていきました。その中で、両側5%の有意水準(Significance level)で検定を行った場合、「本当はグループ間に差がないのに間違って差があると判定する確率は5%になる」という話をし…

はじめに 前回は、異なる処置をランダムに割り当てれば、処置のグループ間で対象者の属性が偏らずにバランスするというお話をしました。 mstour.hatenablog.com 具体的には、内容の異なるクーポンAとクーポンBのどちらがより売り上げの増加につながるかを検…

はじめに 異なる処置の間に効果の違いがあるかどうかを評価するための方法として、「ランダム化(Randomization)」と呼ばれる方法が広く知られています。ランダム化は、処置の効果を歪める*1さまざまな要因の影響を取り除くことができ、処置と結果との因果関…

はじめに 前回の記事で交互作用の概念について説明したが、その続きとして、シミュレーションデータを使ってRでの実行例を見ていきたいと思う。 mstour.hatenablog.comなお今回は2値のカテゴリー変数どうしの交互作用だけを扱うことにする。 問題設定は次の…

はじめに 今回は、以前紹介したMantel-Haenszel検定（MH検定）をRで実施する方法を整理していく。 mstour.hatenablog.com前も書いたようにCochran-Mantel-Haenszel（CMH検定）と呼ばれることが多いが、Cochranの検定とMantel-Haenszelの検定とは周辺和の固定…

はじめに 今回は、以前紹介した（Pearsonの）カイ二乗検定とFisherの正確検定をRで実施してみることにする。 mstour.hatenablog.com mstour.hatenablog.com 実施例として、分割表の検定について検討したPrescott(2019)[1]に掲載の例（原論文はHeschl et al.(…

はじめに 今回は、以前書いた感度・特異度に関する記事のRでの実施例を紹介する。 mstour.hatenablog.com 例題として、Alonzo et al.(2002)[1]で引用されている前立腺がんの早期発見に用いる診断法を比較した研究結果(Smith et al.(1997)[2])RACIAL DIFFEREN…

はじめに 以前に相関係数の話をしたが、Rでの計算方法を今回あわせて書いておきたい。 mstour.hatenablog.com Rで計算 相関係数の話で、次のような図を例に出した。 2変数の様々な関係性と相関係数の例（Schober et al.(2018)より引用）今回は同様のデータを…

はじめに がんの治療後の生存期間や、心筋梗塞・脳卒中などの疾患の発生までの期間を記述する方法としてよく用いられるのが「Kaplan-Meier plot」と呼ばれるグラフである。例えば下記の図は、乳がんに対する2つの治療法の生存期間をKaplan-Meier plotで要約…